我想請問資工系與資管系的差別在哪裡？

首先要跟你說的就是各個學校的資工資管都會有點不一樣。資工很吃數理邏輯，訓練在於未來可以有能力開發各種大型系統和應用軟體，所以主要是開發，寫程式。
資管則是偏重於系統應用，所以在學期間除了基本程式設計及資料庫應用外，還要學經濟學、統計學、會計學、電子商務、系統分析、供應鏈管理等等商管課程。

建議你可以去直接去看各學校的資工資管課表
東海資工：http://www.cs.thu.edu.tw
東海資管：http://im.thu.edu.tw

資管系會學到哪些程式語言？

我們主要是以C語言打基礎（大一），由C語言來學習資料結構（大二），所以經過這樣兩年後C語言會蠻熟悉的，至於其他他程式語言（ex: python, C#, java, JavaScript, R)都是選修，也學得比較淺，但是如果你非常喜歡寫程式，未來也想走程式的路，比較建議讀資工系。